L'histoire se passe à notre époque. DATS, une organisation gouvernementale secrète protégeant le monde contre les attaques des Digimon, se trouve confronter à la fuite d'un de leur Digimon captif: Raptor 01, un Agumon qui se retrouve très vite fâce à un jeune garçon de 14 ans: Daimon Masaru.
Ils deviennent amis et rejoignent DATS ainsi que Yoshino/Raramon et Thomas/Gaomon pour commencer une nouvelle aventure à travers le monde des humains et le Digital World !

Tadayasu et Kei sont deux amis d’enfance qui ont décidé d’intégrer l’Université d’agriculture de Tokyo. Pendant la cérémonie d’ouverture, on leur informe qu’une enseignante a disparu depuis un mois. Sous un demi ton de plaisanterie, l’interlocuteur émet la possibilité qu’elle soit enterrée autour du campus. Le petit problème est que Tadayasu possède un pouvoir très particulier. En effet, ce dernier est capable de voir à l’œil nu les microbes qu’il peut attraper et avec lesquels il peut discuter. Ainsi, en se promenant avec Kei autour de l’Université, il en aperçoit qui forment un flux important. En suivant la direction du « courant », ils arrivent près d’un monticule ressemblant à une tombe. L’espace exploité par les microbes fait comprendre à Tadayasu que ce qui y est enterré doit avoir la taille d’un être humain. Le doute s’installe alors chez nos deux jeunes amis qui ne sont pas au bout de leur surprise.

Planète Zi, un monde où vivent les Zoïds, des guerriers bio-mécaniques. Ils sont controlés par des pilotes humains dans une guerre avec la République et l'empire de Guylos. Un jour un garçon appelé Van, qui a été enfermé par des bandits, se cache dans quelques vieilles ruines. Il trouve deux cosses dans une salle cachée, en ouvre un et découvre un Zoid ressemblant à un dragon: un Organoid qu'il appelle Zeke. Quand Van ouvre la 2ème cosse une fille très mystérieuse appelée Fiona en sort. Ils partent à l'aventure afin de trouver des informations sur le passé de Fiona et pour trouver le Zoid Eve. Ils rencontrent de nouveaux amis et ils doivent affronter des problèmes notamment la guerre qu'ils essayent d'arrêter.