Planète Zi, un monde où vivent les Zoïds, des guerriers bio-mécaniques. Ils sont controlés par des pilotes humains dans une guerre avec la République et l'empire de Guylos. Un jour un garçon appelé Van, qui a été enfermé par des bandits, se cache dans quelques vieilles ruines. Il trouve deux cosses dans une salle cachée, en ouvre un et découvre un Zoid ressemblant à un dragon: un Organoid qu'il appelle Zeke. Quand Van ouvre la 2ème cosse une fille très mystérieuse appelée Fiona en sort. Ils partent à l'aventure afin de trouver des informations sur le passé de Fiona et pour trouver le Zoid Eve. Ils rencontrent de nouveaux amis et ils doivent affronter des problèmes notamment la guerre qu'ils essayent d'arrêter.